Švč. Mergelės Marijos Nekaltai Pradėtosios vardo vienuoliją 1673 m. įkūrė Dievo Tarnas kun. Stanislovas Papczynskis (1631-1701) Korabieve, Poznanės vyskupijoje. 1699 m. ją patvirtino popiežius Inocentas XII, pavesdamas pranciškonų globai. Šios regulos marijonai laikėsi iki 1909 m. Prienų seniūno žmona grafienė Pranciška Ščiukaitė-Butlerienė 1750 m. į prie Šešupės besikuriantį Starapolės miestelį pakvietė marijonų vienuolius, vadinamus baltaisiais dėl jų dėvimo balto abito. Pirmasis atvyko čekas Adalbertas Vaitiekus Strachas. Grafienė paskyrė vienuoliams žemės sklypą kur jos lėšomis pradėtas statyti medinis vienuolyno pastatas bei bažnyčia. Oficialus marijonų įvesdinimas į naująją Šv. Kryžiaus titulu konsekruotą bažnyčią įvyko 1758 m. rugsėjo 13 d., o prie vienuolyno besikuriantis miestelis gavo Marijampolės vardą. Laikotarpis po 1831 ir ypač 1863 metų sukilimų buvo laipsniško Marijampolės vienuolyno, kaip ir kitų katalikų vienuolynų, bei visos Bažnyčios, niokojimo metas: dalis vienuolių ištremta į Sibirą dalis emigravo bei panaikinta marijonų jurisdikcija. Į Marijampolę buvo suvežti uždarytųjų vienuolynų vienuoliai, psichiniai ligoniai, nusikaltusieji, degradavusieji asmenys. 1904 m. vienuolyne buvo likę tik keli nariai, todėl ir vienuolynas buvo uždarytas. Paskutinis šio ordino vienuolis, 24-asis senojo įstato marijonų vienuolijos generolas, Šv. Mykolo Arkangelo parapijos klebonas Vincentas Senkus mirė 1911 m. Marijampolėje.
Nuo visiško sunykimo marijonus išgelbėjo kunigas Jurgis Matulaitis (1871-1927, nuo 1918 m. Vilniaus vyskupas, nuo 1925 m. arkivyskupas, 1987 m. paskelbtas Palaimintuoju). Oficialios vienuolijos atnaujinimo apeigos įvyko 1909 m. rugpjūčio 29 d. Varšuvos Šv. Kryžiaus parapijos klebonijoje, privačioje vyskupo Kazimiero Rūškio-Ruškevičiaus koplyčioje. Marijonų generolas Vincentas Senkus priėmė pirmuosius kunigo Jurgio Matulaičio įžadus, o kunigas Pranas Būčys buvo priimtas į novicijatą. Reformuotai vienuolijai kun. Jurgis Matulaitis, pasitardamas su kun. P. Būčių, paruošė naujus įstatus, pritaikytus prie slapto vienuolinio gyvenimo, to laiko sąlygų ir Bažnyčios teisės reikalavimų. Senojo Vienuolyno kontempliacinį pobūdį jis pakeitė naujiems laikams reikalinga akcija. Pertvarkyta vienuolija tapo kongregacija (buvo atsisakyta iškilmingų įžadų, baltų abitų). Šią kongregaciją ir naujus įstatus patvirtino popiežius Pijus X. 1910 m. lapkričio 28 d. buvo duotas Vienuolijų Kongregacijos dekretas. Naują marijonų konstituciją pritaikytą prie 1917 m. Bažnyčios teisės kodekso, Vilniaus vyskupas Jurgis Matulaitis paruošė 1922-1925 metais, dar labiau išryškindamas kongregacijos tikslus. Šią Konstituciją popiežius Pijus XI patvirtino 1930 m. sausio 27 d. – per trečiąsias arkivyskupo Jurgio Matulaičio mirties metines.